Sein markantes Profil strahlte Ruhe und Provokation gleichzeitig aus und es dauerte nicht lange, bis man ihn in der Politik als ‚wirkliches Problem' einstufte. Er lehnte sich gegen die Ungerechtigkeit durch die Regierung auf und nahm es mit den Großen auf, wie den Axel Springer Verlag. Dieser startete eine Hetzkampagne und erreichte damit, dass der rechtsextreme Josef Bachmann Dutschke mit drei Kugeln niederstreckte. Dieses Attentat wird der BILD-Zeitung bis heute angelastet.

Aber Rudi Dutschke gab nicht auf und sammelte seine Kraft, um seinen Weg weiter zu gehen und die Welt stand hinter ihm. Er schrieb, sprach und kämpfte für die Linken im Land und trat sogar später mit Josef Bachmann in den Dialog. Bis heute gibt es allerdings zwei Meinungen über dieses Gespräch: Die erste besagt, dass Bachmann Dutschke größtenteils ignorierte und die zweite sagt, dass Bachmann das Gespräch sehr ernst nahm und später sogar Selbstmord begann, weil er lange Zeit nichts mehr von Dutschke gehört hatte.

Heute nennt man seinen Namen in einem Atemzug mit "Studentenbewegung" und er wird noch lange Zeit als Gallionsfigur des gewaltlosen Widerstands gelten.